輪行で利用できる交通機関は、鉄道に限りません。飛行機や船舶でも可能です。飛行機を利用する場合は、輪行袋に入れた自転車を預け荷物とします(さすかに客席には持ち込めません)。料金は航空会社の規定によって異なります。たとえば日本航空は、重量が15に印までであれば、国内線、国際線とも無料です。スカイマークエアラインズといった格安航空会社では、重量やサイズの大小にかかわらず、「自転車は1000円」と一律で定めていることもあります。
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また、小型のプロペラ機が就航している離島路線などでは、重量に応じて課金されるケースもあります。そしていずれの航空会社でも、「破損した際も責任は負わない」旨の一筆を取らされます。もし不安であれば、預ける際に有料の保険をかけることができる場合もあります。船舶の場合は、鉄道と同様に袋に収めて持ち込めば無料、そのまま転かして持ち込むと有料といった規定か多いようです。水上バスや渡船など小型の船舶では、どのような形態であれ自転車の持ち込みを断っているケースもあります。